南山國家公園體制試點一直遵循最嚴格的生態保護制度，有效控制著人類活動和開發力度，同時對非法獵捕野生動物行為予以堅決打擊，為野生動物棲息繁衍提供了很好的條件。近幾年來，試點區的野生動物種群數量逐漸增加，林麝、中華秋沙鴨、白頸長尾雉、小靈貓等一級野生保護動物頻繁現身，黑熊、豹貓、白鷴、鴛鴦等二級野生保護動物的種群數量也在恢復和增加，豐富的野生動植物種群豐富了南山國家公園多彩的生態空間。